ماده 78: پایان نامه بخشی از دوره دکتری عمومی پزشکی است که طی آن دانشجو موظف است در یک زمینه مربوط به رشته تحصیلی خود زیر نظر استاد راهنما به تحقیق بپردازد .
ماده 79: دانشجویان دوره دکتری عمومی پزشکی می بایست از شروع دوره کارآموزی تا قبل از شرکت در امتحان جامع پیش کارورزی موضوع پایان نامه خود انتخاب و به ثبت برسانند .
تبصره : دانشجویان دوره دکتری عمومی پزشکی چنانچه موضوع پایان نامه خود را در مدت مقرر به ثبت نرساند تا زمان ثبت موضوع پایان نامه مجاز به شرکت در امتحان جامع پیش کارورزی نمی باشند .
ماده 80: استاد راهنما با پیشنهاد دانشجو ، موافقت استاد راهنما و تایید گروه آموزشی مربوطه و تصویب شورای پژوهشی دانشکده مربوطه تعیین می گردد
تبصره 1: رتبه استاد راهنما حداقل استادیاری است در موارد استثنایی با تایید شورای پژوهشی دانشکده می توان از اعضای هیات علمی مربی نیز به عنوان استاد راهنما استفاده نمود.
تبصره 2: در موارد خاص و با تصویب شورای پژوهشی دانشکده و به منظور انجام تحقیقات بین بخشی دانشجو می تواند بیش از یک استاد راهنما داشته باشد .
ماده 81: در صورت لزوم به پیشنهاد استاد راهنما یک نفر از اعضای هیات علمی یا متخصصان و محققان برجسته پس از تائید شورای پژوهشی دانشکده به عنوان استاد مشاور تعیین می شود .
تبصره : سقف تعداد پایان نامه های دوره دکتری عمومی پزشکی که به طور همزمان توسط هر استاد راهنما هدایت می شوند از فرمول تقسیم تعداد کل دانشجویان ورودی در هر سال به تعداد کل اعضای هیات علمی دانشکده مربوطه ضرب در عدد 2 بدست می آید . در دانشکده هایی که تعداد اعضاء هیات علمی زیاد است و با فرمول فوق سقف پایان نامه هر عضو هیات علمی عدد کمی خواهد شد ، هر عضو هیات علمی براساس مرتبه دانشگاهی وی و با تصویب شورای پژوهشی دانشکده ، حداکثر 3 پایان نامه دانشجویان با سال ورودی یکسان را به طور همزمان می تواند راهنمایی نماید .
ماده 82: انتخاب موضوع پایان نامه بایستی با هدایت استاد راهنما باشد.
ماده 83: موضوع پایان نامه نباید تکراری باشد به این معنا که پایان نامه با عنوان مشابه یا متفاوت ولی محتوای یکسان در 5 سال اخیر در دانشگاه ذیربط گرفته نشده باشد .
تبصره : در موارد خاص و با نظر شورای پژوهشی دانشکده ، در موضوعاتی که ممکن است نیاز به تحقیق مجدد در کمتر از فاصله زمانی فوق باشد ، اخذ پایان نامه با عنوان و محتوای مشابه بلامانع است .
ماده 84: هر دانشجو باید یک موضوع را بعنوان پایان نامه انتخاب نماید .
تبصره : انتخاب موضوع پایان نامه توسط گروهی از دانشجویان (حداکثر 3 نفر) پس از تائید استاد راهنما و تصویب شورای پژوهشی دانشکده به شرط رعایت موارد ذیل مجاز می باشد.
الف: حجم و اهمیت موضوع تحقیق با تعداد دانشجویان تناسب داشته باشد
ب: تقسیم بندی موضوع تحقیق به گونه ای باشد که هر یک از دانشجویان ذیربط بتوانند انجام بخش مستقلی از پایان نامه را عهده دار شوند .
ماده 85: جهت ثبت موضوع پایان نامه باید مراحل زیر طی شود :
الف: انتخاب موضوع پایان نامه با هدایت استاد راهنما
ب: بررسی تکراری نبودن موضوع پایان نامه توسط معاونت پژوهشی دانشکده
ج: تصویب طرح پیشنهادی پایان نامه در گروه آموزشی مربوطه
د: ارائه طرح پیشنهادی پایان نامه از طرف گروه به معاونت پژوهشی دانشکده جهت تصویب در شورای پژوهشی دانشکده
ه: ابلاغ مصوبه شورای پژوهشی دانشکده به استاد راهنما جهت شروع پایان نامه
تبصره : فاصله زمان ثبت موضوع پایان نامه تا زمان دفاع آن نباید کمتر از یکسال باشد
ماده 86: هر پایان نامه باید حاوی موارد زیر باشد :
الف: چکیده به زبان فارسی و انگلیسی (اهمیت و زمینه کار ، مواد و روش ، نتایج و نتیجه گیری)
ب: مقدمه (دلایل اهمیت موضوع پژوهش ، اطلاعات کلی در زمینه پژوهش و اهداف پژوهش)
ج: بررسی متون
د: روش کار (نوع پژوهش ، محیط و مواد پژوهش ، حجم نمونه و روش نمونه گیری ، روش جمع آوری اطلاعات ، روش تجزیه و تحلیل داده ها و انواع آزمون های آماری و مراحل انجام کار
ز: نتایج ( استفاده از آزمونهای آماری ، جداول ، نمودارها و بیان نتایج)
و: بحث و نتیجه گیری ( بررسی نتایج حاصله ، مقایسه نتایج با سایر مطالعات ، بررسی علت تفاوت نتایج پژوهش با سایر مطالعات ، بررسی نقایص و محدودیت های پژوهش ، نتیجه گیری نهایی و ارائه پیشنهادات )
ماده 87: نگارش پایان نامه به زبان انگلیسی بلامانع می باشد ولی لازم است علاوه بر چکیده به زبان انگلیسی چکیده به زبان فارسی نیز داشته باشد
ماده 88: هیات داروان که مسئولیت تصمیم گیری نهایی در مورد پایان نامه ها را بر عهده دارند از اعضای زیر تشکیل می شود
• استاد راهنما
• استاد مشاور (در صورت وجود)
• نماینده شورا پژوهشی دانشگاه
• نماینده گروه آموزشی مرتبط با پایان نامه
• یک عضو از اعضای هیات علمی یا محققان ، متخصصان و صاحب نظران به انتخاب گروه آموزشی مربوطه
تبصره: مرتبه علمی استاد راهنما و اعضای هیات علمی باید حداقل استادیاری باشد ، در شرایط خاص پس از تایید شورای پژوهشی دانشکده می تواند مربی باشد . در خصوص محققان و متخصصان و صاحب نظران داشتن مدرک دکترای تخصصی الزامی است
ماده 89: ارزشیابی پایان نامه ها توسط هیات داوران در مقیاس نمره گذاری از صفر تا بیست صورت می گیرد و با توجه به نمرات مربوط به چهار درجه به شرح ذیل متمایز می شوند
• عالی ، پایان نامه های با نمره 19تا 20
• بسیار خوب ، پایان نامه های با نمره 17 تا 99/18
• خوب ، پایان نامه های با نمره 14تا 99/16
• غیر قابل قبول ، پایان نامه های با نمره کمتر از 14
تبصره : پایان نامه هایی می توانند درجه عالی را کسب نمایند که تحقیقاتی بوده و یا در یکی از مجلات علمی معتبر داخل یا خارج از کشور به صورت مقاله چاپ شده و یا اخذ پذیرش چاپ را در این مجلات ارائه نمایند بدیهی است که ارائه مقاله و یا اخذ پذیرش چاپ مقاله باید قبل از دفاع از پایان نامه و تعیین نمره نهایی صورت گیرد .
ماده 90: کلیه دانشجویان موظف به دفاع از پایان نامه خود در آخرین نیمسال تحصیلی می باشند و چنانچه دانشجو در چهار چوب سنوات مجاز تحصیلی نتوانند از پایان نامه خود دفاع و نمره قبولی کسب نماید علی رغم اینکه کلیه واحدهای درسی دوره آموزشی مربوطه را با موفقیت گذرانده باشد ، اخراج خواهد شد .
ماده 91: تعداد واحدها و نمره پایان نامه در آخرین نیمسال تحصیلی ثبت و دانشجو از رعایت حداکثر واحدهای مجاز در آخرین نیمسال تحصیلی معاف است
ماده 92: زمان فارغ التحصیلی دانشجو ، زمانی است که تمامی واحدهای درسی خود را از جمله پایان نامه را گذرانده باشد (هر کدام که موخر باشد)
ماده 93: کلیه حقوق مکتسب از پایان نامه متعلق به دانشگاه است
ماده 94: یک نسخه از خلاصه هر پایان نامه می بایست به حوزه معاونت تحقیقات و فناوری وزارت متبوع جهت بهره برداری و اطلاع رسانی به دیگر مراکز ارسال گردد.